ホテルフラッグス佐世保九十九島は、佐世保市鹿子前町にあるホテルです。最寄駅は佐世保駅です。
客室数は98室。チェックインは15:00、チェックアウトは10:00です。
温泉に入れる宿で、大浴場・サウナがあります。泉質は炭酸水素塩泉・塩風呂・含鉄強食塩泉(金泉)です。
夕食はレストラン(バイキング)、朝食はレストラン(バイキング)でいただけます(プランにより異なります)。
楽天トラベルの口コミ評価は5点満点中4.19点(1,651件)。項目別では「食事(朝食)」と「清潔感」の評価が特に高くなっています。